Agoncillo se encuentra bien comunicado al estar junto a la carretera nacional 232, que comunica toda la ribera del Ebro en La Rioja, desde Alfaro hasta Haro. Esta carretera le sirve de enlace con Logroño, a 13 kilómetros y con los pueblos más cercanos de la Rioja Baja. También es posible acceder por la autopista AP-68 (con una salida denominada Agoncillo) y el aeropuerto.
A través de la regional LR-261, paralela primero al curso del Río Leza y luego del Jubera, Agoncillo comunica con Murillo de Río Leza y, a partir de ahí, con los pueblos del Camero Viejo y de la Sierra de la Hez.